三个海区的渔政局职能也得到了相应的强化，尽管名称中去掉了“渔港监督管理”，但这并不意味着职能的削弱，而是为了统一和强化大渔政的理念和职责。回顾历史，2000年5月17日，中国渔政指挥中心在中央机构编制委员会办公室的批准下成立，农业部渔政局局长同时担任指挥中心主任。
监督渔业资源的人工增殖。组织管理辖区海域和内陆跨界渔业水域渔业资源保护工作。监督伏季休渔等资源养护措施的落实。查处违反渔业生产秩序和破坏渔业资源的各类违法行为。对水生野生动物实施救助。查处本行政区域内违反水生野生动物保护管理的违法行为。
研究所进一步依托这些学科力量，联合建立了多个国家级和院级的重点实验室、研究中心以及野外科学观测站点。
